在广袤安宁的原始森林中，快乐的蓝精灵们正在预备一年一度的蓝月亮节。而就在这欢欣忙碌的关头，他们的宿敌——罪恶的巫师格格巫（汉克·阿扎瑞亚 Hank Azaria 饰）和他的宠物阿兹猫闯入了蓝精灵的秘密领地。遭到惊吓的蓝精灵四散而逃，其中不幸的笨笨（安东·尤金 Anton Yelchin 配音）则盲打误撞跑进了听说曾经死掉99个蓝精灵的瀑布出来。最终，笨笨连同营救他的蓝爸爸、蓝妹妹、聪聪等卷入了奥秘的漩涡，离开了美国纽约的中央花园。在这个完全生疏的世界，他们失掉化装品业的帕特里克（尼尔·帕特里克•哈里斯 Neil Patrick Harris 配音）的协助。为了前往大森林，蓝精灵们想尽各种方法。与此同时，格格巫和阿兹猫也离开纽约……　　本片依据比利时漫画家沛优（Peyo）及其夫人共同创作的漫画改编，早年曾被美国引进制形成TV版动画。