应该是从悠远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中挽救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的朋友！！　　故事讲述冬树与KERORO小队一同去印加帝国的马丘比丘足迹观赏，喜欢奥秘事物的冬树当然是大为快乐，可是KERORO的脑袋外面装满了要侵略地球的事情。他们在那里由于迷路而发现了遗址，后因由于突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的朋友出如今了他们面前。样子和KERORO如出一辙，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地筹划侵略地球的黑暗KERORO。他率领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一同在世界各国末尾了侵略举动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……