乌黑的夜晚，一名特务悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与特务展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（平地南 配音）和同伴们离开东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆形状，身上的手机也破损无法运用。柯南等人容许要帮她恢复记忆，当他们众说纷纭之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处进程中，女子特殊的身手和奇异的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份发生疑心。　　刚刚还一派祥和的水族馆，沉溺在快乐之中的人们，基本会想到随着那名奥秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的屠戮和混乱之中……